:
Oleh G. Suranto, Rabu, 12 April 2023 | 19:25 WIB - Redaktur: Untung S - 401
Jakarta, InfoPublik - Sekuensing adalah teknik untuk menentukan urutan basa nukleotida suatu DNA yaitu molekul yang berisi informasi genetik suatu organisme yang diturunkan dari induknya. Sekuensing DNA memungkinkan para periset menentukan urutan genom yang sangat penting bagi bidang kedokteran, pertanian, taksonomi, dan konservasi tumbuhan.
Melalui sekuensing DNA, spesies tumbuhan dapat diketahui kedekatan pola kekerabatannya dengan kelompok tumbuhan lain, keragaman genetiknya, analisis evolusi biologi, sejarah demografinya, struktur populasi serta inbreeding depression akibat perkawinan sedarah dari induk yang sama. Hal ini penting sebagai dasar penyusunan strategi konservasi setiap spesies tumbuhan di kawasan konservasi.
Untuk itu BRIN melalui Pusat Riset Konservasi Tumbuhan, Kebun Raya dan Kehutanan (PR KTKRK) Organisasi Riset Hayati dan Lingkungan (OR HL) memfokuskan penelitiannya pada genetika konservasi tumbuhan melalui penggunaan aplikasi The Next Generation Sequencing Tchnology (NGS).
Hal itu disampaikan dua narasumber pada bincang-bincang online Garden Talk seri 4 dengan tema Aplikasi NGS dalam Genetika Konservasi Tumbuhan, pada Selasa (11/4/2023).
Arief Priyadi Peneliti Ahli Muda PR KTKRK yang juga Ketua Kelompok Riset Genetika Konservasi Tumbuhan, dalam presentasinya menyatakan bahwa genetika konservasi tumbuhan memadukan penggunakan teori-teori genetika dan teknologi, untuk mengurangi resiko spesies terancam kepunahan.
Perkembangan teknologi untuk mengetahui keragaman genetik saat sudah semakin maju sejak ditemukannya teknologi genomik tahun 2010. "Dengan teknologi genomik kita bisa mendapatkan penanda molekuler atau molekuler marker pada level genom yang dengan teknologi sebelumnya tidak mungkin dikerjakan," ujar Arief, seperti dikutip dalam laman BRIN di Jakarta, Rabu (12/4/2023).
"Saat ini keragaman genetik suatu individu juga dapat diketahui secara relatif cepat dengan menggunakan teknologi sekuens atau membaca seluruh genom dari individu yang kita teliti, terutama sejak dipasarkannya NGC, " tambahnya.
Selanjutnya, Arief menjelaskan Teknologi Sanger, bagaimana cara memproses data dan analisisnya. Ia pun mencontohkan hasil ekstrak DNA/RNA dan format data yang dihasilkan menggunakan NGC yang diproduksi oleh perusahaan Allumina NextSeq 500 dan Nova Seq 6000.
"Sayangnya aplikasi teknologi ini di Indonesia masih relatif mahal, yaitu sekitar 10 kali lebih mahal jika dibandingkan di Cina," ungkap Arief.
Pada kesempatan yang sama, Chen Feng narasumber asal Lushan Botanical Garden, Chinese Academy of Science memaparkan makalahnya yang berjudul "Research and Conservation of Primulina spp. (Gesneriaceae) in China, with focus on the application of The Next Generation Sequencing (NGS) Technology".
Feng menceritakan pengalaman penelitiannya menggunakan NGS pada beberapa spesies Primulina spp. untuk dikonservasi secara ex situ di Lushan Botanical Garden, Cina.
Primulina merupakan marga terbesar Gesneriaceae yaitu beranggotakan lebih dari 200 spesies dan memiliki nilai penting bagi masyarakat Cina. Sekitar 150 spesies Primulina spp. sudah dikonservasi di Lushan Botanical Garden dan empat spesies diantaranya sedang diteliti keragaman genetiknya.
Primulina huaijiensis, Primulina juliae, dan Primulina tabacum merupakan contoh spesies langka terancam punah di Cina yang memerlukan aksi konservasi. Berdasarkan hasil penelitian keragaman genetiknya diketahui beberapa informasi yang dipredisksi menjadi penyebab kelangkaannya.
Selain itu Feng mencontohkan Primulina eburnea yang dapat dikembangkan melalui domestikasi untuk industri kesehatan. "Primulina eburnean berdasarkan hasil analisis teknologi NGS diketahui memiliki kadar kalsium yang tinggi, sehingga kini spesies itu diperbanyak secara besar-besaran dan bekerja sama dengan industri obat-obatan untuk pengembangannya," ugkap Feng.
Sumber Foto: Humas BRIN